Funde aus der Jüngeren Steinzeit sowie Grabstätten aus der Bronze- und Eisenzeit bezeugen eine frühe Besiedlung des Gebietes um Ichtershausen. In den ersten Jahrhunderten nach Christus wird eine hermundurische Siedlung angenommen, gefolgt von dem festen Platz eines fränkischen Edlen zum Schutz der Königspfalz Arnstadt/Neidecksburg.
Die erste urkundliche Erwähnung von Ichtershausen war am 27. März 947. König Otto I. beurkundete den Tausch einiger Güter, darunter „Huochtricheshus“ oder „Otrichshusen“ (Siedlung eines Otrich), mit dem Kloster Hersfeld.

1147 wurde im Ort ein Zisterzienserinnenkloster von Friederuna von Grumbach und ihrem Sohn Markward II.gegründet, dessen markante Klosterkirche St.Georg und Marien (Baubeginn 1133) das Ortsbild noch heute prägt. Diese Klosterstiftung wurde sowohl von Konrad III. als auch von Bischof Heinrich von Mainz bestätigt. Das Kloster galt als das reichste in Thüringen, bis zu 74 Ortschaften waren ihm zinspflichtig, auch besaß es große Weinberge in der Umgebung. Das Kloster hütete einen „geradezu ungeheuren Reliquienschatz“, der jährlich ausgestellt wurde.

Obwohl der Orden von Citeaux das Ichtershäuser Kloster immer als reine Privatsache und nie als zum Orden zugehörig betrachtete, wurde es im Laufe der Zeit durch die ausgezeichneten Beziehungen seiner Gründer und die von Propst Wolfram angesammelten Reliquien reich und mächtig.
Das sollte sich auch in der europäischen Geschichte niederschlagen:
1.)   6. März 1198 - Die Anhänger des Herzogs Philipps von Schwaben, jüngster Sohn Friedrich I. "Barbarossa", leiten hier dessen entscheidende Vorwahl zum König ein. Der feierliche Wahlakt findet dann am 8. März in Mühlhausen statt.
2.)  17. September 1204 - Hermann I., Landgraf von Thüringen und Schwiegervater der heiligen Elisabeth, unterwirft sich König Philipp und schwört ewige Treue
3.)   3. Juli 1546 - Die im Schmalkaldischen Bund vereinigten Fürsten beraten in Ichtershausen über ihren Kreuzzug gegen den Kaiser. - Zu diesem Zeitpunkt war das Kloster schon lange von den aufständischen Bauern geplündert und die Nonnen vertrieben worden (1525). Im selben Jahr wird Heinrich Gnesius erster evangelischer Pfarrer in Ichtershausen. Das Klostergebäude wurde später ein Amtssitz. 1710 wurde das hiesige Schloß vollendet. 1813/1814 diente es als Militärlazarett, in dem 700 Preußen starben. Unweit des Ortes errichtete man ihnen 1819 eine denkmalartige Grabstätte.

Zu den bekanntesten Einwohnern in der Geschichte des Ortes gehört der im 19. Jhd. weithin bekannte Fabeldichter, Menschen- und Kinderfreund Wilhelm Hey (1789-1854). Er wurde 1832 zum Superintendenten nach Ichtershausen berufen. Von ihm stammen auch die Lieder: "Weißt du, wie viel Sternlein stehen?" und "Alle Jahre wieder."